剧场版1：引爆摩天楼
日文名称：时计じかけの摩天楼
英文名称：A Clockwork Skyscraper
上映时间：1997年4月23日
剧情介绍：在工藤新一曾经侦破的案件中，推理证实了西多摩市市长因开车过失杀人，致使当时闻名日本的建筑师森谷帝二己策划完成的新市镇设计停摆。为了对工藤新一进行报复并破坏过去的建筑失败作品，森谷盗取南洋火药库火药制造塑胶炸弹，并设计一连串纵火计划。最后的炸弹被装在小兰将与新一约好碰面的米花市政大厦，在小兰的执着下，既未掉进森谷设计的炸弹陷阱内，也救获同在该大楼的许多人……
剧场版2：第十四番目的
日文名称：14番目の目标
英文名称：The Fourteenth Target
上映时间：1998年4月15日
剧情介绍：小兰的母亲妃英理、目暮警官、阿笠博士等人，皆无故遭到神秘人士的暗杀，一连串的事件正陆续发生。奇怪的是，每个受害人似乎都与毛利小五郎有某种程度上的关联，而每一个凶案现场都遗留着诡异的扑克牌，到底其中的数字代表着什么涵义？谁又将是下一个狙击的 目标？柯南在侦查的过程中亦逐渐踏入神秘人安排的陷阱之中，危机四伏。眼看身旁的受害着一个一个倒下，足智多谋的柯南能适时化解……
剧场版3：世纪末的魔术师
日文名称：世纪末の魔术师
英文名称：Last Wizard of the Century
上映时间：1999年4月14日
剧情介绍：罗曼诺夫王朝的皇室密宝“回忆之卵”意外地在日本发现了！就在铃木财团展出的同时，柯南最强的对手——“怪盗基德”发出预告函，宣布将在众目睽睽下，夺取这无价的艺术瑰宝。柯南、小五郎、平次、兰一行人，受邀解读预告函线索，不料发生致命错误！基德成功偷走“回忆之卵”后，途中却遭神秘杀手狙击，坠海失踪。柯南以新型滑板追踪，惊险夺回“回忆之卵”，才发现它的外观与设计图上完全不同，这是究竟怎么回事？......
剧场版4：瞳孔中的暗杀者
日文名称：瞳の中の暗杀者
英文名称：Captured In Her Eyes
上映时间：2000年4月12日
剧情介绍：连续两位东京警视厅的现任刑事惨遭杀害，而遇害的两位刑事都手握警察手册气绝身亡。这意味着甚么？是对付警察的恐怖行为、或是过激派的暴行？警视厅正对此凶杀案件有关的人事物及警察组织内部着手进行搜查。而巨大组织的内部秘密却如高墙般不可窥探！江户川柯南与小五郎前往警事厅向目暮警官、白鸟警官查询有关杀人事件的情报，但是友善的俩人却以此事不可告之而拒绝了。在小五郎努力追问下，却得到白鸟警官一句：「Need not to know〔不需要知道〕……」 这是警察之间所用的密语，也就是说杀人事件与警察内部组织有关！小五郎 、柯南和多名警察参加白鸟警部妹妹的婚宴，席间突然停电，小兰和女警佐藤都在化妆室中，正当小兰拿起身旁的手电筒时枪声却响起，佐藤女警为掩护小兰而挨枪，听到枪声的小五郎等人涌入化 室时犯人却已不着痕迹地脱逃了，这时，小兰却因承受不了佐藤女警重伤昏迷的打击，从此丧失了所有的记忆！
剧场版5：通向天国的倒计时
日文名称：天国へのカウントダウン
英文名称：Count Down To Heaven
上映时间：2001年4月11日
剧情介绍：柯南一行人及高木老弟前往超高层摩天大楼参加落成典礼，另一方面，大概知道工藤新一还活著现身在这典礼上，黑衣组织全员出动，在这典礼上杀害数条人命，同时命令灰原哀暗中地进行另一项破坏计画，那就是将这大楼给炸毁,不留活口。当灰原完成任务后，打电话给琴酒说："任务已经完成了",在一栋300层的双摩天大楼里，灰原哀引爆大楼里的变电器，使得整栋大楼大停电，引起大家的恐慌，纷纷透过空中走廊逃往隔壁大楼避难，唯独小兰困在该大楼而没逃出来，空中走廊被爆炸的威力给炸断，但又必须救出小兰，因此柯南利用他的滑板飞越这天际到爆炸的大楼里，成功地将小兰给救出，但走廊炸断了，滑板也无法让两人成功地飞越这天际，小兰便想到利用蹦极的方法带著柯南从高处往下跳……
剧场版6：贝克街的亡灵
日文名称：ベイカー街の亡霊
英文名称：The Phantom of Baker Street
上映时间：2002年4月17日
剧情介绍：这里正在举行，能够一举改变全世界游戏业界价值观的模拟游戏‘茧’的发表会。结合了最先进技术的‘茧’，其游戏方式是先进入一部外型酷似蚕茧的大型胶囊，透过电脑的操作让游戏者沉睡于历史上曾经发生过事件的时代，并进行挑战的虚拟体验游戏。柯南、小兰、灰原以及少年侦探队的成员们也接获邀请，前往参加这场受到全世界瞩目的发表会，并阴错阳差的混入政界、财经界以及演艺界等代表人物的小孩群中，趁机乘上了‘茧’。另一方面，‘茧’的研发者兼负责人─坚村，竟然在发表会会场遭到杀害。而在这起杀人事件发生的同时，一个自称‘诺亚方舟’的人工智慧闯入‘茧’的电脑系统，并切断身处虚拟世界的50名孩童所有能与外界连结的管道，对现实世界中所有的招待者宣布：‘在这场解决历史事件的游戏中，只要有一个人能够存活到最后就算你们赢。不过如果没有人能够存活到最后，参加游戏的所有人就会葬命于此。’开始了一场失控的游戏。少数知道柯南身份，同时也是工藤新一的父亲，世界名推理作家─工藤优作也是这场发表会的特别来宾。优作负责监修‘茧’游戏中的历史事件，虽然能透过推理找出坚村遭到杀害的原因，但关于柯南一行人，他只能在控制室看着他们的表现。柯南一行人必须在‘茧’所设定重现的19世纪伦敦贝克街，同时也是福尔摩斯留下无数传说之地，挑战一连串的考验。一场结合虚拟实境与现实，用50条生命为赌注的游戏即将开始！
剧场版7：迷宫的十字路口
日文名称：迷宫の十字路
英文名称：Crossroad in the Ancient Capital
上映时间：2003年4月19日
剧情介绍：在东京、大阪和京都三地发生了杀人事件，死者都是盗贼集团源氏萤的成员，并且死者每人手中的《义经记》都被凶手夺走，这到底为了什么？接着，柯南等人由于一尊佛像被偷而受邀前往京都解谜，并在那碰到了同目的另外也寻找初恋情人的平次。凶手发出了挑战，寄给他们一张神秘图，说只要解开此图就能找到佛像。在此过程中，又一桩杀人案出现在他们面前，佩带老翁面具的凶手所设的陷阱一个个向他们驶来，凶手用剑术和弓箭一步步的杀向平次。终于，和叶也被他抓走了。面具下的神秘面孔会是什么样的？他为什么要杀死平次？水晶玉会带来什么神奇效果？前去救和叶的神秘男子究竟是谁？哀给柯南吃的药有什么效果？哀：“或许他可以恢复原来的身体”。而兰终于也见到了新一！“工藤新一，是个侦探”“新一，我终于见到你了”……平次真正能救出和叶并逮到凶手吗？平次又是否会找到他的初恋情人？
剧场版8：银翼的魔术师
日文名称：银翼の魔术师
英文名称：Magician of the Silver Sky
上映时间：2004年4月17日
剧情介绍：夜晚。某座大楼的屋顶，柯南的面前站着一个身穿制服的警员。除此之外，没有任何人。“让我们结束游戏吧，小偷先生”，慢慢转过身来的警员，“说的也是啊，我也过够了和你玩捉迷藏游戏的日子，侦探先生”，一瞬间，脱去变装，在夜空中飘动的纯白色斗篷。对峙中的两人。柯南VS基德。一场宿命对决即将拉开序幕……
剧场版9：水平线上的阴谋
日文名称：水平线上の阴谋
英文名称：Strategy above the Depths
上映时间：2005年4月9日
剧情介绍：在100年前的伦敦、1000年前的首都．京都、高度1万英尺的天空等各式各样的舞台上不断转换的剧场版《名侦探柯南》。在剧场版系列第九部《水平线上的阴谋》中，舞台又一次转至太平洋上。载有600名船员．乘客的豪华客轮。这部仿效好莱坞电影的最新剧场版力作，一定能带给观众《名侦探柯南》系列史上最豪华的大场面。此外，在本作中，毛利小五郎又一次成为了焦点人物。柯南系列中的第二部剧场版《第14个目标》中，故事重点放在了小五郎的过去上，这是小五郎初次在“沉睡小五郎”之外，首次作为故事的中心人物在剧场版中亮相。欢呼雀跃的不仅仅是孩子们。剧作表现出的那种身为人父的责任感也是家长们所应当领悟的。希望父母能与孩子一起前来观看，体验这种感觉。最新力作中真正的关键字是“双重”，故事中有着各式各样的双重结构。船内相继发生的事件令人窒息，另一方面，陆地上的警视厅也不断进行着调查。相同的时间轴，海上（柯南与小五郎）与陆地（警示厅）的调查交替进行着，构筑起了这个双重结构、共同推动的故事的发展。另外，这次的故事起源于15年前的事件。过去与现在，2个时代错综复杂的双重的时间设定。柯南与小五郎各自进行着双重的搜查与推理。二名侦探的推理战绝对值得一看哦。但是，“双重”远没有到此结束！！
剧场版10：侦探们的镇魂歌
日文名称：探侦たちの鎭魂歌
英文名称：The Private Eye's Requiem
上映时间：2006年4月15日
剧情介绍：接受了神秘男子的委托小五郎和柯南等人来到了横滨，可是却落入了男子的圈套，将小兰和少年侦探团等人做人质，时限12小时～如果不在此时间解开事件的真相，装在人质上的炸弹将爆炸，而且那男子知道柯南的真正身份是新一，最后，神秘的委托人，黑影的真正身份是……
剧场版11：绀碧之棺
日文名称：绀碧の棺
英文名称：Jolly Roger in the Deep Azure
上映时间：2007年4月21日
剧情介绍：2006年，柯南迎来了他十岁生日，伴随着《侦探们的镇魂歌》再次冲击了视听率的新高。好事自然要成双，2007年度柯南剧场版第11弹《绀碧之棺》，终于在《海贼王》《火影忍者》等连载大作放出剧场版公映消息后揭开了它蓝色的面纱，并定于2007年4月21日全日本公映。《绀碧之棺》沿用了制作柯南剧场版的原班人马，监督和脚本设定的工作依然由本泰一郎先生和柏原宽司分别担当，角色设定则是由须藤昌朋负责。此外在公映之前，柯南动画及漫画连载之中也会给出更多的“绀碧之棺”案件的提示，大家可以随着柯南和小哀一起来推理幕后黑手的真面目。为什么上文说是蓝色的面纱？当然不是单单因为这次宣传海报的基调是蓝色，故事本身的舞台也发生在浮于那深蓝色的太平洋上的美丽岛屿“神海岛（こうみじま）之上。传说自古以来在那岛屿之下的深海里安眠着古代遗迹“海底宫殿”而故事则由两位18世纪真实存在过的女海盗“Anne Bonny”（1697～1720）“Mary Read”（1690～1721）在那里所藏的宝藏而起。今次的故事就从这神秘的小岛开始，在小五郎的带领下，柯南一行人前往位于太平洋上的小岛“神海岛”上享受愉快的假日，蔚蓝色的大海和无限的自然风光加上自古以来流传的两个“神海岛”传说让这个小岛成为游客成群的度假圣地。兰和园子在“海底宫殿”附近的海域享受有氧潜水，少年侦探团则玩起了神海岛观光课安排的寻宝游戏。然而，觑意于传说中的财宝的宝藏猎人们也潜入了这个迷人的小岛上。兰和园子意外的遭遇到一名被鲨鱼群袭击的宝藏猎人，猎人的死是因为传说中的宝藏吗？急忙赶来的柯南发现了死亡的疑点，并和灰原一起展开了调查。这次的舞台是太平洋上的孤岛，柯南等人毫不意外的又被卷入了奇异的杀人事件中。关于本次的标题《绀碧之棺》尚难以得出明确的解释，不过熟悉金田一的读者应该记得金田一有一部OVA名为《杀戮之绀碧岛》，关于这个岛屿有一段解释大家可以用来参考：“绀碧岛虽然小，但在冲绳群岛中却有一段古老的历史。在八重山诸岛洗传的神话里，绀碧岛上曾经住著许多神仙。昭和初期时代，所有岛上出生的人都要接受圣岛独特的洗礼，所以就算短时间离岛就学和就业，最后都一定会再回到岛上。并且绀碧岛海底也有一座神殿。”从绀碧岛的传说来看与神海岛有着部分雷同之处。标题中的“绀碧”一词应该是指代神海岛。 “神海岛”流传这两个传说，一个是沉入海底的古代遗迹“海底宫殿”，它是沉入神秘岛海域的巨大岩石建筑群，虽然研究者纷至沓来，但始终没有人能解开“海底宫殿”的秘密，另一个传说是300年前活跃在加勒比海的2名女海盗“安妮．邦尼”和“玛莉．雷德”遗留下来的财宝，据说她们乘坐的海盗船遭到英国海军的攻击时，只有她们2人勇敢的战斗。随着调查的深入，迷一般的文字“Jolie Rougu”浮出水面，宝藏的秘密近在眼前。然后要接近真相总要经历磨难，柯南他们找到的一部分财宝被谜一样的宝物猎人抢走了，而宝藏猎人的魔手也伸向了兰和园子，他们的目的究竟是什么？隐藏在传说中的真相是什么？隐藏在海底宫殿中的秘密又是什么？超越300年的暗号，柯南一一解明。
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